シーズン3-1 第53話
邦題:トレリウムD
原題:The Xindi
あらすじ……謎の種族ズィンディを捜し求めるアーチャーたちは、冷酷な異星人鉱山長の協力を得て、不気味な証拠物を手に入れた。一方、リードは、エンタープライズ号に新たに乗船した軍事部隊の士官と衝突する。
シーズン3-2 第54話
邦題:オサーリア人の襲撃
原題:Anomaly
あらすじ……デルフィック領域の恐るべき空間異常によって機能を停止したエンタープライズ号は、あくどい略奪で機材を奪われた難破船に遭遇した。そして間もなく、盗賊団はアーチャーたちに近づいてきた。
シーズン3-3 第55話
邦題:突然変異
原題:Extinction
あらすじ……ズィンディ船の手がかりを求めて、ジャングルの惑星を捜索したアーチャー、リード、ホシは、肉体を原始的な生物に変身させてしまうウイルスに感染した。エンタープライズ号は、そのウイルスを根絶しようとする異星人船に脅迫される。
シーズン3-4 第56話
邦題:美しき潜入者
原題:Rajiin
あらすじ……ズィンディ評議会が地球人の脅威への対抗策を議論している頃、アーチャーはズィンディの後を追って小さな市場を訪ね、謎めいた怪しい女に出会う。それはラジーンという名の美しい奴隷だった。
シーズン3-5 第57話
邦題:幽霊船
原題:Impulse
あらすじ……エンタープライズ号は、デルフィック領域で遭難したバルカン船からの救難信号を受信した。その船に乗り込んだアーチャーたちは、正気を失ったゾンビのようなバルカン人たちに襲われる。その船の中で、トゥポルにも同じような症状が出てきた。
シーズン3-6 第58話
邦題:孤独な亡命者
原題:Exile
あらすじ……アーチャーたちが、空間のひずみを引き起こしている謎の球体を調べていた時、ホシは強力なテレパシーの呼びかけを受けた。それは、ズィンディの居場所への航路を教えてもよいというものだった。しかし、ホシにとって、その情報はあまりにも高くついた。
シーズン3-7 第59話
邦題:兵器工場潜入
原題:The Shipment
あらすじ……アーチャーは、ズィンディ毛長族の工場コロニーに潜入し、地球攻撃兵器に用いられた物質を発見した。しかし、ズィンディ爬虫類族の戦艦がやって来たことから、アーチャーは毛長族のリーダーに協力を求める。
シーズン3-8 第60話
邦題:留められない記憶
原題:Twilight
あらすじ……12年後の未来、アーチャーは、ズィンディが地球人の撲滅を続けていて、人類はわずか6,000人ほどしか残っていないことを知った。アーチャーは記憶を長く留められない病気だったが、トゥポルはその病気の治療法を見つけた際に、過去を変えられることに気づいた。
シーズン3-9 第61話
邦題:ウエスタン
原題:North Star
あらすじ……デルフィック領域の惑星上に、地球人が19世紀のウエスタン・スタイルの暮らしを営んでいる入植地が見つかった。ところが、入植者たちの異星人の扱い方にアーチャーはショックを受ける。
シーズン3-10 第62話
邦題:ライサリア砂漠幼虫
原題:Similitude
あらすじ……致命的な傷を負ったトリップの命を救うために、フロックスは、患者のクローンを作って、それからの臓器移植を試みようとする。ところが、多感で知的なクローンの若者は、なぜトリップを救うために自分が死なねばならないかを理解できない。
シーズン3-11 第63話
邦題:デトロイト2004
原題:Carpenter Street
あらすじ……時間移動する情報員ダニエルスがアーチャーの前に現れた。ズィンディのグループが過去の地球で兵器を作っているという。アーチャーとトゥポルは、ダニエルスの手助けで過去にタイムトラベルし、2004年のデトロイトに潜入した。
シーズン3-12 第64話
邦題:選ばれし領域
原題:Chosen Realm
あらすじ……故障した船から異星人の巡礼者集団を救出したところ、彼らは自分たちの命を犠牲にしてエンタープライズ号を破壊すると脅迫し、船を乗っ取ってしまった。恐るべきことに、彼らは一人のクルーを犠牲にするよう要求した。
シーズン3-13 第65話
邦題:アンドリア人の協力
原題:Proving Ground
あらすじ……エンタープライズ号は、デルフィック領域を航行中に大きな損傷を受けてしまうが、意外な協力者に助けられる。それはシュランが指揮するアンドリア船だった。両船は一緒にズィンディ兵器の場所へ向かう。
シーズン3-14 第66話
邦題:策略
原題:Stratagem
あらすじ……エンタープライズ号はデグラを捕らえた。その男はズィンディ兵器の設計者である。アーチャーは、手の込んだ巧妙な作戦でデグラをだまし、兵器のありかを聞き出そうとする。
シーズン3-15 第67話
邦題:新たなる脅威の兆し
原題:Harbinger
あらすじ……異常空間の中に浮遊する小さな船を発見。中には異星人の“実験体”が乗っていた。アーチャーはそれを回収するが、危険な結果を招いてしまう。そのころ、上級士官たちが長く保っていた緊張の糸が切れて、衝突が起きる。
シーズン3-16 第68話
邦題:フロックス船長の孤独
原題:Doctor's Orders
あらすじ……危険な領域を横断するために、フロックスは自分以外の全員をこん睡状態にした。たった一人で船を制御しているにもかかわらず、フロックスは、何者かが活動しているような気がしてならない。
シーズン3-17 第69話
邦題:トゥポルの反乱
原題:Hatchery
あらすじ……難破船の中にズィンディ昆虫族の卵が放置されているのを発見して、アーチャーは、どんな犠牲を払ってでも、それらをズィンディの元に送り届けようとする。しかし、上級士官の中には船長の決断に反抗する者が現れた。
シーズン3-18 第70話
邦題:爬虫類族の攻撃
原題:Azati Prime
あらすじ……ズィンディ兵器のありかを特定したアーチャーは、自爆攻撃でそれを破壊しようとする。ところが、アーチャーは発見されて捕まり、容赦なく痛めつけられる。一方、エンタープライズ号は激しい攻撃にさらされた。
シーズン3-19 第71話
邦題:球体創造者
原題:Damage
あらすじ……ズィンディの攻撃で損傷したエンタープライズ号を修理するために、同じように故障しているイリリアン船と協力し合うことになる。ところが運悪く、イリリアン船にはエンタープライズ号に提供できるような予備のワープ・コイルがない。アーチャーは苦悩する。
シーズン3-20 第72話
邦題:デグラの決断
原題:The Forgotten
あらすじ……ズィンディの2人の高官は、アーチャーが自説を証明できれば、兵器の発射を中止するという。アーチャーは2人をエンタープライズ号に招いたが、衝突が起きてしまう。
シーズン3-21 第73話
邦題:エンタープライズ2
原題:E2
あらすじ……エンタープライズ号が危険な亜空間トンネルに入ろうとした時、もう1つのエンタープライズ号が呼びかけてきた。それはアーチャーのクルーたちの子孫が操縦する、過去からやってきた船だった!
シーズン3-22 第74話
邦題:評議会の分裂
原題:The Council
あらすじ……トゥポルとリードのチームは、厳重に防御されている球体の心臓部へ入っていく。一方、アーチャーとホシは、ズィンディ評議会を説得しようとする。しかし、その裏では邪悪な力が反抗を強めていた。
シーズン3-23 第75話
邦題:地球攻撃10時間前
原題:Countdown
あらすじ……エンタープライズ号は、協力的なズィンディ船と共に、囚われの身のホシを救出し、爬虫類族を阻止してズィンディ兵器の発射を食い止めようとする。それが成功するかに見えた時、謎めいた球体創造者が介入を始めた。
シーズン3-24 第76話
邦題:最終決戦
原題:Zero Hour
あらすじ……アーチャーは、時間と競争しながら、ズィンディ兵器を阻止し、その内部から解体を図ろうとする。しかし、球体創造者と爬虫類族がそれを許さない。