シーズン3-1 第47話
邦題:ドミニオンの野望(前編)
原題:The Search, Part I
あらすじ……ドミニオンの脅威に対抗するため、最新鋭の戦艦ディファイアントがDS9に配備された。ロミュランの協力を得て、遮蔽装置までもが装備された最強の船だ。シスコたちは、ディファイアントでガンマ宇宙域へ向い、ドミニオンの創設者と直接コンタクトを取ろうとする。ところが、ジェム・ハダーの攻撃によって、船は身動きがとれない。キラとオドーはシャトルで脱出してオマリオン星系に向かうと、そこには驚くべき世界があった。
シーズン3-2 第48話
邦題:ドミニオンの野望(後編)
原題:The Search, Part II
あらすじ……オドーとキラはオマリオン星雲で、オドーと同じ流動体生物の仲間たちと出会っていた。一方、シスコたちはディファイアントがジェム・ハダーに破壊され、DS9に舞い戻っていた。そこでは、既にドミニオンと惑星連邦との和平交渉が進められていたが……。
シーズン3-3 第49話
邦題:クワークの結婚
原題:The House of Quark
あらすじ……バーで酔いつぶれていたクリンゴン人が、クワークを脅すつもりで自分自身を刺し殺してしまう。クワークは、その事件を客寄せのネタにするために、自分がクリンゴン人と戦って勝ったと主張する。ところが、そこにクリンゴン人の妻が現れて、クワークはお家騒動に巻き込まれてしまう。
シーズン3-4 第50話
邦題:仮面の幻影
原題:Equilibrium
あらすじ……ダックスが幻覚や幻聴に悩まされる。本体と共生体のシナプス機能をコントロールするアイソボラミンのレベルが低下しているようだ。詳しくはトリルの専門家に診てもらうしかない。シスコは、ダックスとドクターを連れて、トリル星へ向かう。ところが、原因を調べていくうちに、意外な事実が明らかになる。
シーズン3-5 第51話
邦題:恐るべき過去
原題:Second Skin
あらすじ……キラは、気がつくと、カーデシア人の姿に変わっていた。彼女はオブシディアン・オーダーの秘密工作員で、キラ・ネリスは仮の姿だったというのだ。キラは本当の自分が分からなくなる。
シーズン3-6 第52話
邦題:捨て子の秘密
原題:The Abandoned
あらすじ……クワークが買い取った難破船の中に、異星人の赤ん坊が発見された。その子は驚異的なスピードで成長して、あっという間に凶暴なジェムハダーの青年になってしまう。オドーは青年を救おうとするのだが。
シーズン3-7 第53話
邦題:暴徒制圧モード始動
原題:Civil Defense
あらすじ……DS9に残る昔のコンピュータ・ファイルを、オブライエンたちが削除していたところ、突然、暴動鎮圧プログラムが動き出した。基地は、自動的に封鎖されて、“暴動”を押さえようとする。これは当時デュカットが仕組んだプログラムだった。解除しようとすると、ますます事態は悪化するばかりだ。
シーズン3-8 第54話
邦題:次元移動惑星M
原題:Meridian
あらすじ……ガンマ宇宙域を探査していたディファイアントの前に、突然、惑星が現れた。それは、2つの次元を行き来しているという。ダックスは、星の住人と恋に落ちるが、その星はすぐに向うの次元に戻るという。ダックスは、ひとつの決断をした。
シーズン3-9 第55話
邦題:奪われたディファイアント
原題:Defiant
あらすじ……エンタープライズ号のライカー副長がDS9にやって来た。休暇旅行の途中だという。ところが、そのライカーは“もう一人のライカー”トーマス・ライカーで、キラをだまして、ディファイアントを乗っ取ってしまう。トーマスはマキの一員だったのだ。
シーズン3-10 第56話
邦題:恋の感謝祭
原題:Fascination
あらすじ……DS9でベイジョーの感謝祭が開かれ、バライルやラクサナ・トロイもやってきた。ところが、お祭りの最中に、奇妙な恋愛騒動が起き始める。
シーズン3-11 第57話
邦題:2024年暴動の夜(前編)
原題:Past Tense, Part I
あらすじ……シスコ、ベシア、ダックスの3人は、地球での会議のために、ディファイアントから地上に転送降下した。ところが、その瞬間、異常なタイムスリップが起きて、3人は、2024年のサンフランシスコに降り立ってしまった。それは、“保護区”の悪政に抗議する『ベル暴動』が起きる前夜だった。
シーズン3-12 第58話
邦題:2024年暴動の夜(後編)
原題:Past Tense, Part II
あらすじ……“保護区”で暴動が起きてしまい、シスコとベシアは暴動犯として建物に立てこもる。一触即発の状況の中、なんとか人質を守りながらも“保護区”の真実を外の人たちに知らせられないかと考える。一方、キラとオブライエンはシスコたちを探して様々な時代にタイムスリップする。
シーズン3-13 第59話
邦題:バライルの死
原題:Life Support
あらすじ……ウィンとバライルの乗った船が事故を起こし、バライルが重傷を負ってしまう。2人はベイジョーとカーデシアの和平を進めており、バライルはその交渉の実務者であった。ウィンは、バライルの命よりも、和平交渉を優先しようとする。
シーズン3-14 第60話
邦題:可変種の定め
原題:Heart of Stone
あらすじ……キラとオドーは、マキを追跡中に、ある惑星の洞窟の中に迷いこんでしまう。そこでキラは、水晶体に捕らえられて、身動きができなくなる。オドーはキラを救出しようとするが、水晶体は大きくなるばかりだ。
シーズン3-15 第61話
邦題:三匹の毒蛇
原題:Destiny
あらすじ……ワームホールを通してガンマ宇宙域との通信を可能にするため、カーデシアの科学者の協力を得て、亜空間通信中継機を設置することになった。ところが、ベイジョーに古くから伝わる“三匹の毒蛇”の預言から、ベイジョーのヴェデクは、このプロジェクトに強く反対する。キラは、自分の立場と信仰心の間で、気持ちが揺れる。
シーズン3-16 第62話
邦題:新・金儲けの秘訣
原題:Prophet Motive
あらすじ……グランド・ネーガス・ゼクがDS9へやってきた。クワークとロムは、ネーガスが『新・金儲けの秘訣』を執筆中と知って、その内容をいち早く知ろうとする。ところが、新・金儲けの秘訣は、これまでとは正反対に、金儲けを否定する内容だった。
シーズン3-17 第63話
邦題:DS9破壊工作
原題:Visionary
あらすじ……オブライエンは事故で放射能を浴びて、未来にタイムスリップするような幻覚を見るようになった。ところが、その中で、オブライエンは、とんでもない未来を目撃してしまう。
シーズン3-18 第64話
邦題:老化促進テレパシー
原題:Distant Voices
あらすじ……ベシアはレシア人に襲われて意識を失う。目が覚めるとDS9のほとんどが破壊されていて、人の気配もない。しかもベシアは急速に老化が進んでいた。
シーズン3-19 第65話
邦題:鏡の裏のシスコ
原題:Through the Looking Glass
あらすじ……シスコは平行宇宙のオブライエンに拉致されて、向うの世界へ転送された。そこでは、もう一人のジェニファーが新しい機械を開発中で、それが完成するとテラン人のレジスタンスが壊滅的な打撃を受けるという。もう一人のオブライエンは、シスコに助けを求めたのだ。
シーズン3-20 第66話
邦題:姿なき連合艦隊(前編)
原題:Improbable Cause
あらすじ……ガラックの店で爆発事件が起き、その容疑者も爆発事故で死亡する。情報提供者から、事件の背後に、カーデシアのオブシディアン・オーダーの存在があることを知ったオドーは、ガラックとともに、元長官のエナブラン・テインを訪ねる。ところが、その道中に、2人はテインによって捕えられ、テインの恐るべき野望が明らかになる。ガラックはテインに従い、オドーから流動体生物の秘密を聞き出そうとする。
シーズン3-21 第67話
邦題:姿なき連合艦隊(後編)
原題:The Die Is Cast
あらすじ……DS9の前に突如ロミュランとカーデシアの艦隊が現れ、ワームホールからアルファ宇宙域へ向かった。連邦はテインの計画にあえて静観する構えを見せるが、シスコたちはオドーを救出するためディファイアントで艦隊を追う。テインの信頼を得たいガラックは、流動体を固定化する機械を使ってオドーを苦しませる。
シーズン3-22 第68話
邦題:夢の古代船
原題:Explorers
あらすじ……800年前の、ベイジョーのソーラーシップの設計図が明らかになり、シスコは、当時と同じ船を自分で組み立てて、ベイジョーからカーデシアまでの星間飛行を検証しようとする。シスコはジェイクとともに、父と子の冒険旅行に出発する。
シーズン3-23 第69話
邦題:クワークの母
原題:Family Business
あらすじ……フェレンギ会計監査局のブラントがクワークの店にやってきて、クワークの母イシュカを告発するという。イシュカは、フェレンギの法律に反して、女であるにもかかわらず金儲けをしているというのだ。クワークとロムは、あわててフェレンギ星に戻り、母を説得しようとするが。
シーズン3-24 第70話
邦題:シャカールの乱
原題:Shakaar
あらすじ……ベイジョーの首相が亡くなって、その後継にカイ・ウィンが立候補するという。キラはウィンが政府までもを支配することに嫌悪するが、そのウィンがDS9にやってきて、土壌改良機を返還しないシャカールを説得してほしいと、キラに協力を要請する。キラはレジスタンス時代の同志シャカールを訪ねるが。
シーズン3-25 第71話
邦題:クルゾンの秘密
原題:Facets
あらすじ……ジャッジアがジャンタラの儀式を行うという。それは、過去の本体を呼び出して対話するというトリルの儀式だ。そのためには、親しい人々が一時的に肉体を貸し与える必要がある。ジャッジアは、最初の本体リラ(キラ)から始めて、トビン(オブライエン)、エモニー(リータ)、オードリッド(クワーク)、トライアス(ベシア)、ジョラン(シスコ)、そしてクルゾン(オドー)と対面していく。ところが、クルゾンになったオドーには、ある変化が。
シーズン3-26 第72話
邦題:忍び寄る可変種の脅威
原題:The Adversary
あらすじ……シスコが大佐に昇格。その喜びもつかの間、ツェンケチでクーデターが発生との情報から、シスコたちはディファイアントで現地に向かう。ところが船内で何者かが破壊工作を行っていることが分かり、犯人探しが始まる。それは見えない敵との戦いだった。