シーズン3-1 第43話
邦題:ケイゾン総攻撃(後編)
原題:Basics, Part II
あらすじ……パリスはタラクシアに援軍を求めた。一方、ドクターはセスカに意外な事実を伝えた後、ヴォイジャーには艦隊クルーがもう1人残っていることに気づいた。疑い深いセスカがドクターの機能を停止すると、最後の望みは精神を病んでいるロン・スーダーの行動にかかっていた。
シーズン3-2 第44話
邦題:伝説のミスター・カトー
原題:Flashback
あらすじ……トゥヴォックは、自分の命にもかかわる抑圧された記憶を究明するために、ジェインウェイと精神融合を行う。すると、そこは80年前、トゥヴォックが初めて任務に就いた、かの有名なヒカル・カトー艦長が指揮するエクセルシオだった。
シーズン3-3 第45話
邦題:地獄星からの脱出
原題:The Chute
あらすじ……キムとパリスは、テロリストと間違われて過酷な刑務所に投獄された。そこを出るには、厳重に守られたチューブを通るしかない。パリスが別の囚人に刺されたことから、キムはパリスを救うために脱出を決意する。
シーズン3-4 第46話
邦題:ドクターのオーバーロード
原題:The Swarm
あらすじ……ヴォイジャーは、スワーム(大群)と呼ばれる攻撃的な種族に守られている、広大な領域を横切ろうとする。その時、ドクターの記憶回路が長期の負荷によって崩壊を始めていた。しかしリセットをすれば、ドクターの人格が消えてしまうのだ。
シーズン3-5 第47話
邦題:救世主フェレンギ
原題:False Profits
あらすじ……ヴォイジャーは、アルファ宇宙域へ通じる不安定なワームホールを発見した。さらに、近くの惑星には2人のフェレンギ人が取り残されていることが分かった。彼らは原始的な住民に自分たちを神と信じ込ませて、金儲けをしていたのだった。
シーズン3-6 第48話
邦題:偽善者の楽園
原題:Remember
あらすじ……トレスは、毎夜、リアルな夢にうなされるようになった。どうやら強いテレパシー能力を持つエナラ人に記憶を植えつけられたようだ。夢を探っていくうちに、トレスは恐るべき秘密を知ることになる。
シーズン3-7 第49話
邦題:聖霊の怒り
原題:Sacred Ground
あらすじ……ケスは、ある星の神殿でエネルギー・フィールドの衝撃を受けて昏睡してしまった。ところが、そこの宗教者たちはジェインウェイに難題を課して、それを解決しなければケスの命は救えないという。
シーズン3-8 第50話
邦題:29世紀からの警告(前編)
原題:Future's End, Part I
あらすじ……29世紀から来た時間パトロール船に攻撃されて、ジェインウェイは、ヴォイジャーの行動が時空破壊の原因になっていることを知った。それによって地球の太陽系が消滅するというのだ。しかし、時間の歪みに入ってしまったヴォイジャーは、1996年の地球を周回していた。
シーズン3-9 第51話
邦題:29世紀からの警告(後編)
原題:Future's End, Part II
あらすじ……ヘンリー・スターリングは、時間パトロール船イーオンを使って、29世紀のテクノロジーをさらに盗もうとしていた。ジェインウェイは、スターリングの野望を何としても阻止しようとする。たとえ、そのために時間パトロール船を破壊し、ヴォイジャーが1996年から戻れなくなるとしても。
シーズン3-10 第52話
邦題:暴君の星
原題:Warlord
あらすじ……ヴォイジャーは、難破船から異星人を救出した。その1人が死亡すると、ケスの体は200歳の暴君に支配されてしまった。その人物は、再び権力を握るために、残忍な政権争いを始めた。
シーズン3-11 第53話
邦題:レディQ
原題:The Q and the Grey
あらすじ……珍しい超新星爆発を観測していたヴォイジャーに、超生命体Qが戻ってきた。Qはジェインウェイにただならぬ願い事をする。彼女に自分の子供を産んでほしいというのだ。ジェインウェイがQを問い詰めると、Qは彼女をQ連続体に転送した。そこは今や内戦状態であった。
シーズン3-12 第54話
邦題:巨大ウィルス
原題:Macrocosm
あらすじ……外交交渉から戻ったジェインウェイとニーリックスは、ひと気のないヴォイジャーに驚いた。やがてニーリックスも奇妙な生命体に襲われて、ジェインウェイは船内で孤立してしまう。船は攻撃的で破壊的な生命体に感染していたのだ。
シーズン3-13 第55話
邦題:密売人
原題:Fair Trade
あらすじ……ニーリックスは、ヴォイジャーが自分の知らない領域に入ったために、この付近の宇宙地図を手に入れようとする。そして、旧友のウィックスと再会したものの、ウィックスの取引が殺人事件を引き起こしてしまい、ニーリックスは友人とクルーとの間で板ばさみになってしまう。
シーズン3-14 第56話
邦題:ホログラムの反乱
原題:Alter Ego
あらすじ……ホロデッキのキャラクター“マレーナ”に夢中になってしまったキムは、トゥヴォックにアドバイスを求めた。するとトゥヴォックはキムに、マレーナと会わないように指示した。ところが、その後、トゥヴォックとマレーナが会っているのをキムが目撃して嫉妬したため、トゥヴォックは問題のキャラクターを消去しようとする。しかし、それは消せなかった。
シーズン3-15 第57話
邦題:霊界からの誘い
原題:Coda
あらすじ……ジェインウェイとチャコティは、ヴィディア人に襲われて死亡するが、しばらくすると、2人は再び生き返って、また殺される、という経験を繰り返していた。2人は、ある種の“死へのループ”に入り込んだことに気づき、ジェインウェイは何とかしてループからの脱出方法を見つけようとする。
シーズン3-16 第58話
邦題:消えた村の謎
原題:Blood Fever
あらすじ……ベラナ・トレスは、ポン・ファーの時期を迎えた若いバルカン人士官から、一方的に求婚の精神エネルギーを受けたため、彼女もまた“血のほてり”すなわち“荒々しい性衝動”にかられてしまった。トレスは、パリスに目をつける。
シーズン3-17 第59話
邦題:ボーグ・キューブ
原題:Unity
あらすじ……救難信号の発信源に向かったチャコティは、負傷して、ヒューマノイドのグループに助けられた。彼らはかつてボーグのドローンだった人々である。チャコティの命を救うために、グループは彼の意識を集合体にリンクさせ、行動を強制しようとする。
シーズン3-18 第60話
邦題:ドクターの内なる闇
原題:Darkling
あらすじ……ドクターは、歴史上の有名な人物のキャラクターを自分自身の個性に加えようとしていた。ところがそれは裏目に出て、ドクターは凶暴で欲張りな性格に変わってしまう。
シーズン3-19 第61話
邦題:謎の小惑星
原題:Rise
あらすじ……トゥヴォックとニーリックスは、危機に直面している惑星を救えるという科学者と接触した。2人と科学者と、さらに2名を加えた合計5名は、リニア・エレベーターに乗り込むが、そこには危険な陰謀が隠されていた。
シーズン3-20 第62話
邦題:女たちの星
原題:Favorite Son
あらすじ……キムの顔に異星人のような斑点が現れ、キムが船を攻撃するデジャヴを感じるようになって、ジェインウェイは懸念をいだいた。そして、女性ばかりの種族から、キムが待望の息子として熱烈に歓迎されたとき、謎はますます深まった。
シーズン3-21 第63話
邦題:9歳のケス
原題:Before and After
あらすじ……クレニム人の攻撃でクロニトン放射を浴びたことから、ケスは時間を逆行するようになってしまった。彼女が本当の時空を通り過ぎる前に、ドクターは彼女から放射能を除去しなければならない。
シーズン3-22 第64話
邦題:ドクターの家庭
原題:Real Life
あらすじ……ヴォイジャーが危険な自然現象を調査していた時、ドクターはホログラムで自分の家族を作り出し、人間関係を学ぼうとしていた。しかし、その家族像はあまりにも理想的すぎたことから、トレスはプログラムに少し手を加えた。
シーズン3-23 第65話
邦題:遠隔起源説
原題:Distant Origin
あらすじ……ヴォスの科学者であるゲイガン教授は、彼の学説を社会が受け入れてくれないために、その証拠を手に入れようとしていた。すなわち、彼ら爬虫類種族は銀河の遠方を起源とするという“遠隔起源説”を裏付けるためである。その証拠とは、宇宙船ヴォイジャーとそのクルーたちであった。
シーズン3-24 第66話
邦題:消えてゆくクルー達
原題:Displaced
あらすじ……突然ヴォイジャーに、ニリア人が現われ、なぜ自分をさらったのかと問いかけた。すると驚くべきことに、ニリア人と入れ替わるように船内からクルーの1人が消えており、その現象は9分ごとに繰り返されていた。やがてジェインウェイも入れ替わってしまう。
シーズン3-25 第67話
邦題:反乱
原題:Worst Case Scenario
あらすじ……トゥヴォックの訓練用ホロ・ノベルにある、クルーの反乱計画プログラムに、パリスは夢中になっていた。そしてパリスは、このプログラムの結末を作ろうと決意した。ところが残念なことに、セスカが既に結末を書いていて、パリスとトゥヴォックは、本当に命がけのシナリオの中に閉じ込められてしまう。
シーズン3-26 第68話
邦題:生命体8472(前編)
原題:Scorpion, Part I
あらすじ……ヴォイジャーはボーグ領域をこっそりと航行するしか道がなかった。ところが、突然、ボーグ・キューブの大艦隊がヴォイジャーの目の前に出現して、スキャンをしただけで過ぎ去ってしまった。そのあと、それらのキューブが破壊されているのが見つかり、ボーグよりもはるかに危険な敵の存在が明らかになった。